בנייה קלה וירוקה ופיגומים

בהתחשב בכך שאין הבדל בד K נצפה למולקולות 1 ו -2, החלטנו להשתמש במולקולה 2 לניסויים נוספים כדי לבדוק את היכולת של פיגומים לבנייה קלה וירוקה זה כדי להכיל מוטיבים אינטראקציה אחרים. לבנייה קלה וירוקה אנחנו סברנו כי הגמישות מעט גדולה יותר של 2 עלולה לאפשר להתאמות מבניות קטנות כדי להכיל מוטיבים שונים בכיוונים אופטימליים שלהם. מולקולות לפיכך, אנו מסונתזים 3 ו -4 באשר גם הלולאה או מוטיב קולט שונה. במולקולה 3 (‘L-GUAA’, טבלת טבלת 1), 1), GUAA מחליף את GAAA הלולאה, ואילו במולקולה 4 (‘R-GUAA’), קולט GAAA הוא הוחלף על ידי מוטיב קולט GUAA הספציפי שנמצא על ידי במבחנה בחירה (27). כצפוי, לא מולקולת dimerized, אבל 3 ו- 4 לא לקשר עם ד K = 150 ± 21 ננומטר. מולקולה 3 (L-GUAA) קשור גם עם מולקולה 2, למרות הזיקה המחייבת הייתה משמעותי חלשה יותר, אך עדיין משמעותית (ד K = 4600 ננומטר). תוצאות אלה הוכיחו כלליות עיצוב tectoRNA שמאפשרת להחליף מוטיבים עם שינוי קטן במבנה פיגומים. יתר על כן, ההבדלים בזיקה מחייבת נצפתה עם מבנים אלה אשר הסכימו עם עבודה קודמת בribozymes, שהצביעה על כך שהאינטראקציה לולאת קולט GAAA היא חזקה יותר מאינטראקצית GUAA (27).

הגמישות של הפיגומים הייתה גדלה עוד יותר במולקולות 5 ו -6 (איור. (איור .2). 2). אלה עוצבו על ידי לקיחת דימר מולקולת 2 והחלפת המוטיבים הלולאה וקולט, ובכך ליצור מולקולה 5, עם שתי לולאות GAAA ומולקולה 6, עם שני קולטנים GAAA (איור. (תמונה 3). 3). כצפוי מדוגמנות, 5 ו -6 קשורים, אם כי לא היה מסוגל dimerization העצמי. עם זאת, ד K של המתחם 5 + 6 נמצא להיות גבוה יותר מזה של דימר 2 או אפילו של 3 + 4 המורכבת (הטבלה (טבלת 1). 1). ניסוי זה הראה כי שני מודולים RNA מקושרים על ידי אחד גדיל עדיין יכולים להיקשר בשיתוף פעולה, למרות הזיקה הייתה פחות מכאשר שני מודולים היו יותר נוקשה מראש מאורגנים לכריכה.